Il quadro normativo relativo agli strumenti di finanza agevolata è stato recentemente integrato da una rilevante novità operativa. A partire dal 27 gennaio 2026, l’Agenzia delle Entrate ha reso disponibile una nuova funzionalità per l’integrazione codice CUP nelle fatture elettroniche già trasmesse al Sistema di Interscambio (SdI). La procedura si inserisce nel più ampio processo di rafforzamento della tracciabilità delle risorse pubbliche, con particolare riferimento ai fondi del Piano Nazionale di Ripresa e Resilienza (PNRR), compresa la misura di incentivazione per le Comunità energetiche rinnovabili (CER). L’intervento mira a semplificare la gestione delle irregolarità formali, superando le rigidità che in passato imponevano l’emissione di note di variazione o fatture integrative a importo zero. Tuttavia, l’applicazione della procedura informatica, attivabile solo da chi ha ricevuto la fattura (cessionario), non è affatto semplice e, soprattutto, non è facilmente delegabile a terzi, ma richiede una firma digitale certificata.
Il quadro normativo e l’obbligo del Codice unico di progetto
L’articolo 5, comma 6, del D.L. n. 13/2023 ha sancito l’obbligo, a decorrere dal 1° giugno 2023, di inserire il Codice unico di progetto (CUP) all’interno delle fatture elettroniche relative all’acquisizione di beni e servizi oggetto di incentivi pubblici. Tale adempimento è prodromico alla corretta tracciabilità dei flussi finanziari e alla prevenzione del divieto di doppio finanziamento. Le Linee Guida per i Soggetti Attuatori del MASE e le direttive operative per la rendicontazione delle spese relative alle misure PNRR, compresa la misura M2C2 - Investimento 1.2 per le CER, prescrivono categoricamente che tutta la documentazione giustificativa di spesa riporti il CUP. Precedentemente all’attivazione del nuovo portale, l’assenza del codice in fattura costringeva i beneficiari a ricorrere a complessi iter di sanatoria, quali l’apposizione di un ‘timbro digitale’ con conservazione sostitutiva a norma, oppure l’emissione da parte del fornitore di una fattura a importo zero collegata al documento originario.
Integrazione codice CUP nelle fatture elettroniche e nuovo servizio web
Al fine di superare le menzionate criticità operative, il provvedimento dell’Agenzia delle Entrate n. 563301/2025 del 10 dicembre 2025 ha disciplinato una procedura informatizzata che consente l’integrazione del codice identificativo ex post, senza alterare la validità fiscale del documento originario. Il servizio, accessibile dall’area riservata del portale Agenzia delle Entrate, sezione Fatture e Corrispettivi, è utilizzabile direttamente dal cessionario/committente o da un intermediario delegato. L’integrazione è consentita esclusivamente per i documenti fiscali con data operazione successiva al 31 maggio 2023 e non rifiutati dal destinatario finale. Sotto il profilo tecnico-giuridico, la procedura non altera il file XML originale precedentemente transitato tramite SdI. Il sistema provvede, invece, a generare un’associazione informativa tracciata nei database dell’Amministrazione finanziaria. Al termine dell’operazione, viene rilasciato un documento riepilogativo protocollato che attesta i CUP originari, le integrazioni e le eventuali cancellazioni effettuate. Tale documento assume pieno valore probatorio in sede di controllo.
Limiti operativi per la rendicontazione dei progetti CER e PNRR
Sebbene l’integrazione codice CUP nelle fatture elettroniche risolva efficacemente l’aspetto della tracciabilità fiscale, la sua portata applicativa incontra stringenti limiti operativi quando analizzata attraverso la lente dei procedimenti di erogazione dei contributi MASE. L’intervento tramite portale dell’Agenzia delle Entrate si limita al solo inserimento della stringa alfanumerica di 15 caratteri costituente il CUP. Non è in alcun modo consentito modificare il contenuto descrittivo o testuale del documento contabile.
Come esplicitato nelle disposizioni del MASE, la documentazione probatoria idonea a determinare l’ammissibilità della spesa per i fondi PNRR non richiede esclusivamente la presenza del CUP. Le Linee Guida impongono che le fatture riportino obbligatoriamente ulteriori elementi testuali, quali:
- Il riferimento esatto al PNRR tramite l’indicazione di Missione, Componente e Investimento.
- La dicitura obbligatoria ‘Finanziato dall’Unione europea - NextGenerationEU’.
- Gli estremi identificativi del contratto o dell’ordine a cui la fattura specifica si riferisce.
- L’indicazione sintetica ma inequivocabile dell’oggetto del servizio, fornitura o lavoro (ad esempio, con riferimenti a specifici Stati di Avanzamento Lavori).
Qualora la fattura elettronica originaria risulti carente di tali elementi descrittivi, la mera integrazione telematica del CUP non sarà sufficiente a sanare le irregolarità amministrative contestabili in sede di istruttoria da parte del GSE o delle Unità di Controllo del MASE. In simili fattispecie, permarrà l’obbligo ineludibile di ricorrere agli strumenti correttivi ordinari previsti dalla prassi contabile, provvedendo all’emissione di note di credito e alla successiva riemissione di documenti fiscali formalmente e sostanzialmente completi di tutte le diciture obbligatorie.
Difficoltà della procedura di delega
È possibile delegare un terzo abilitato (ad es. il proprio commercialista o consulente in finanza agevolata) all’esecuzione della modifica del CUP, tuttavia, le modalità concrete di delega la rendono piuttosto difficile in alcuni casi. L’ostacolo più rilevante nella nostra esperienza è la necessità di ottenere un documento firmato digitalmente dal cessionario/committente tramite una firma certificata, non sempre un’operazione semplice soprattutto con soggetti poco pratici con questa tecnologia. In tali casi, è spesso conveniente procedere con le tradizionali modalità “analogiche” di correzione, attuabili direttamente dall’impresa che ha realizzato l’intervento.